免税事業者からの仕入れとインボイス経過措置、2026年10月からの変更点と対応の進め方

◆監修・編集責任者　小園 将隆　2026年9月28日

B2B EC-COLUMN

免税事業者からの仕入れ、仕入税額控除はいつからどう変わる?

毎月支払いのある仕入先の請求書に登録番号がなく、これまでは消費税相当額の80%を控除して処理してきた——その前提が、令和8年（2026年）10月から変わります。
免税事業者などインボイス発行事業者以外からの課税仕入れに認められてきた経過措置は、現行の80%が令和8年9月30日で終わり、その後は70%、50%、30%と下がって令和13年10月以降は控除できなくなります¹。
令和8年10月1日以後に開始する課税期間からは、一つの仕入先あたりの上限が年10億円から1億円へ引き下げられ、その超過部分には経過措置が使えなくなります¹。
一方で税込1万円未満の仕入れは少額特例という別枠で扱われ⁴、1件あたりの単価と仕入先ごとの年間金額によって、見直しを急ぐ取引とそうでない取引が分かれます。

現行80%控除はいつまで続くか

登録番号のない請求書を受け取ったとき、経理側では消費税相当額の80%だけを控除し、残りを本体価格に上乗せする処理をしてきたはずです。
これはインボイス制度の開始にあわせて設けられた経過措置によるもので、令和5年10月1日から3年間は80%の控除が認められています¹。
その3年間が満了するのが令和8年9月30日です。

ここで押さえておきたいのは、この経過措置が影響するのは仕入れた側の控除計算だという点です。
仕入先である免税事業者が何かを届け出たり、課税事業者になったりしなくても、本則課税で消費税を計算している仕入側の控除額だけが変わります。
つまり、相手から連絡が来ることを待っていても状況は動きません。
気づくのは、自社の申告のために仕入れを区分している担当者のほうが先になります。

もう一つ、実務上の区別も確認しておきます。
経過措置の対象になるのは「適格請求書発行事業者以外の者」からの課税仕入れで、実務では請求書に登録番号があるかどうかで切り分けているケースが多いはずです。
登録番号のある取引先は通常どおりの仕入税額控除ですから、これから説明する割合の変化は、登録番号のない仕入先への支払いにだけ効いてきます。

令和8年10月以降の控除割合の推移（70%→50%→30%→0%）

改正後のスケジュールは、次のように段階的です。
令和8年10月1日から令和10年9月30日までは70%¹、令和10年10月1日から令和12年9月30日までは50%¹、令和12年10月1日から令和13年9月30日までは30%¹、そして令和13年10月1日以降は控除できません¹。

控除できない部分から見ると、変化の意味がはっきりします。
いまは仕入れに含まれる消費税相当額のうち20%が控除できない部分ですが、令和8年10月からは30%、令和10年10月からは半分、令和12年10月からは70%が控除できなくなり、最終的には全額が控除の対象外になります。
同じ税込価格で同じ量を仕入れ続けても、コストとして残る部分が段階的に増えていく、という形です。

ただし、自社の申告でいつからこの割合になるのかは、カレンダー上の日付だけでは決まりません。
令和8年度税制改正の大綱では、この改正は令和8年10月1日以後に開始する課税期間から適用するとされています²。
暦年で申告する個人事業者と、決算期が3月や9月の法人とでは、新しい割合が自社の計算に入ってくる時期が変わり得るということです。
決算期が暦年と異なる場合は、自社の課税期間のどこから適用されるのかを、顧問税理士や所轄の税務署に確認しておくと計算のやり直しを避けられます。

「一取引先あたり年間1億円」への上限引下げとは

上限額は仕入先ごとの合計額で判定される

割合の縮小と同じタイミングで、経過措置そのものが使えなくなる金額の線も引かれます。
一のインボイス発行事業者以外の者からの課税仕入れの合計額（税込）が、その年または事業年度で1億円を超える場合、その超えた部分の課税仕入れについては経過措置を適用できません¹。

判定の単位が「一の」仕入先ごとである点が、実務では一番大事なところです。
登録番号のない仕入先が何社あっても、それらを足し上げて1億円と比べるのではなく、A社への年間支払額、B社への年間支払額、というように相手ごとに見ます¹。
ハンドメイド作家や個人の職人が何十人いる仕入構成なら、一人あたりの年間支払額が1億円に届くことはまず考えにくく、この上限に触れないまま前節の割合だけを追えばよい、という判断になります。

逆に、特定の一社へ生産や加工をまとめて委託していて、その相手が登録をしていない場合は確認が要ります。
なお対象外になるのは「超えた部分」で、1億円までの部分についてはその時期の経過措置の割合で控除できます¹。
年間を通して積み上がっていく金額なので、期末になって初めて超過が分かる、という順序になりやすいことも頭に入れておきたいところです。

現行10億円からの引き下げという変更点

この上限額は、今回新しく1億円になったわけではなく、水準が大きく下がったものです。
令和8年度税制改正の大綱では、一の適格請求書発行事業者以外の者からの課税仕入れの額の合計額がその年またはその事業年度で1億円（現行：10億円）を超える場合、と書かれています²。
これまでは10億円という、大口の継続取引でなければ届かない水準でした。
それが10分の1になることで、これまで上限を意識する必要のなかった規模の取引が、判定の対象に入ってきます。

適用の開始時期は割合の縮小と同じく、令和8年10月1日以後に開始する課税期間からです²。
実務として先に手を付けられるのは、仕入先ごとの年間支払額（税込）を、登録番号の有無で分けて集計できる状態をつくることです。
支払データが会計側と購買側に分かれていると、この集計がすぐ出てこないことがあります。
1億円に近い仕入先が一社もないと分かれば、この論点はそこで確認済みとして置いておけますし、近い相手がいるなら次節以降の交渉の優先順位がはっきりします。

少額の取引（税込1万円未満）は別枠で扱われる

少額特例の対象事業者の要件

ここまでは割合と金額の上限の話でしたが、単価の小さい仕入れにはもう一つ別のルールがあります。
課税仕入れに係る税込の支払対価が1万円未満であるものについては、一定の事項が記載された帳簿のみの保存で仕入税額控除が認められます⁴。
相手がインボイス発行事業者かどうかを問わない枠なので、令和8年10月以降に経過措置の割合が下がっても、この枠に収まる取引の扱いは期限まで変わりません。

注意したいのは、この特例を使えるかどうかを決めるのが仕入先の規模ではなく、自社の売上規模だということです。
対象は、基準期間の課税売上高が1億円以下、または特定期間の課税売上高が5,000万円以下の事業者とされています⁴。
売上が伸びてこの要件から外れた年は、同じ1万円未満の仕入れでも原則どおりの保存が必要になります。
「去年は帳簿だけでよかったのに」という食い違いは、相手ではなく自社側の数字で起きる、という理解で見ておくと混乱しません。

判定は課税仕入れに係る税込の支払対価の額で行いますが⁴、複数の商品をまとめて発注した場合にどの単位で見るのかといった細かい当てはめは、取引の形によって判断が分かれます。
請求書を月まとめで受け取っている場合など、自社の発注・請求の出し方に迷いがあるときは、国税庁の資料や税務署で自社の取引の形に即して確認したほうが確実です。

少額特例の適用期限（令和11年9月30日まで）

少額特例には、経過措置とは別の期限があります。
適用されるのは令和5年10月1日から令和11年9月30日までです⁴。
経過措置が令和13年9月まで段階的に続くのに対し、こちらは2年ほど早く終わる、という時間差があります。

この差が実務に出るのは、令和8年10月から令和11年9月までの期間です。
この間は、1万円以上の仕入れは70%の経過措置で計算しつつ、1万円未満の仕入れは帳簿のみの保存で処理する、という二本立てになります。
そして少額特例が終われば、1万円未満の仕入れも原則どおり請求書等の保存が必要になり、相手が登録をしていなければ、その時期の経過措置の割合で計算することになります。
少額の取引を多く抱えている事業者ほど、令和11年10月という区切りが実際の作業量に効いてくるわけです。

帳簿のみの保存でよい取引でも、その帳簿を残さなくてよいわけではありません。
仕入税額控除のための帳簿および請求書等は7年間保存することとされています⁴。
また、帳簿のみの保存で控除が認められる仕組みには、古物商特例や再生資源等の特例のように、特定の業種や取引に限って設けられているものもあります¹。
中古品の買い取りを扱っている場合はこちらに当たることもありますが、対象が限られた別枠なので、ここまで説明してきた少額特例と同じものとして運用しないよう分けて確認してください。

実態調査に見る他社の対応状況

免税事業者からの仕入れを続ける事業者の割合

制度の中身が分かると、次に気になるのは「同じ立場の会社はどうしているのか」ではないでしょうか。
日本商工会議所と東京商工会議所の実態調査では、インボイス制度導入後も免税事業者から仕入等を行う本則課税事業者は43.7%でした³。
さらに、そのうち57.6%は仕入額が100万円以上と回答しています³。
登録番号のない仕入先との取引を続けている会社は少数派ではなく、しかも金額としても小さくない規模で残っている、という姿が見えます。

この数字を自社に当てはめるときは、母集団を確かめておく必要があります。
この調査は2025年6月23日から7月31日にかけて、各地商工会議所の会員企業2,710者から回答を得たものです³。
全国の全業種を網羅した悉皆調査ではないため、43.7%という割合を自社の業界の平均値として読むことはできません。
読み取れるのは、免税事業者との取引が残っている状況が特殊ではない、という程度の傾向です。

取引の見直しを検討する事業者の割合

同じ調査では、今後、免税事業者との取引価格や仕入先の見直しを行う本則課税事業者は42.3%とされています³。
免税事業者から仕入れを続けている会社のうち、4割超が価格か取引先のどちらかに手を付けるつもりだ、ということです。

注意したいのは、この回答が集められた時期です。
調査は2025年の夏に行われており³、回答した事業者はまだ80%控除の期間にいました。
つまり、割合が実際に下がる前の段階ですでに4割超が見直しを予定していたことになります。
これから先、交渉の申し出が増えるのかどうかまではこの調査は示していませんので、そこは推測になります。

自社の緊急度は、他社の割合ではなく、前の節までに確認した二つの線で決まります。
一つは、年間の支払額が1億円に近い仕入先があるかどうか。
もう一つは、1件あたりの単価が1万円未満に収まっている取引がどれだけあるかです。
どちらの線からも遠い小口の取引が中心なら、慌てて取引先を変える話にはなりません。

経過措置縮小に備えてできること（価格交渉・登録依頼・仕入先見直し）

取引価格の再交渉を検討する

ここから先は、制度そのものではなく、相手のある話になります。
どの方法を選んでも成否は取引関係に左右されますし、効果を保証できる資料があるわけでもありません。
それでも、手を付ける順番と材料の作り方は整理できます。

価格の話をする前に用意したいのは、仕入先ごと・時期ごとに、控除できない部分がどれだけ増えるのかという数字です。
令和8年10月からは仕入れに含まれる消費税相当額の30%が控除できなくなり¹、その分は自社のコストとして残ります。
感覚で「負担が増えるので」と切り出すより、対象の取引と時期を特定して示したほうが、相手にも検討の余地が伝わります。

交渉の形としては、税込価格を据え置くのか、割合が変わる時期にあわせて見直すのかという選択があります。
割合は令和10年10月、令和12年10月にも変わりますから¹、次の変更時期の扱いも含めて話しておくと、2年ごとに同じ交渉を繰り返さずに済む可能性があります。
なお、登録をしていないことだけを理由に一方的に対価を引き下げることは、取引上の別の問題を招きかねません。
価格の根拠と時期を示したうえでの相談として進めるほうが、現実的でもあります。

仕入先にインボイス発行事業者登録を相談する

相手が適格請求書発行事業者として登録すれば、そこから先の取引は通常の仕入税額控除に戻り、割合の縮小も1億円の上限も関係しなくなります。
仕入側にとっては最もすっきりする解決ですが、登録するかどうかは相手の事業の判断であり、相手側には新しい事務や負担が生じます。
ハンドメイド作家のように一人で製作から発送までを担っている相手に、締め切りだけを伝えて回答を迫る形になると、取引そのものが続かなくなることもあります。

相談として成り立たせるには、期限と選択肢を一緒に渡すのが現実的です。
令和8年10月に割合が下がること¹、令和11年9月末で少額特例が終わること⁴という時期を共有したうえで、いつまでに返事がほしいのかを伝えます。
そして、登録しないという返事だった場合に取引をどうするのか——価格で調整するのか、条件を変えずに続けるのか——を自社の中で先に決めておくと、回答を受けてから慌てずに済みます。

登録してもらえた場合は、受け取る書類と帳簿の側の作業が残ります。
登録番号を仕入先の情報に登録し、請求書に必要事項が記載されているかを確認し、どの取引から通常の控除に切り替わるのかを経理側で把握しておく必要があります。
切り替えの時期を取り違えると、控除の区分を後から直すことになります。

代替の仕入先を検討する

仕入先を変える選択は、商品の性質によって現実味が大きく変わります。
包装資材や汎用的な部材のように置き換えのきくものなら、登録済みの取引先へ寄せるという判断はしやすいでしょう。
一方、作家ごとのデザインが商品価値そのものになっているような仕入れでは、相手を替えることは商品を替えることと同じです。
その場合は、控除できない分を織り込んだ売価にできるかという、別の検討に移ることになります。

進め方としては、次の順番で見ていくと判断が絞れます。
まず仕入先ごとの年間の税込合計を出して1億円の線に近い相手がいるかを確認し¹、次に1件あたりの税込単価で1万円未満の取引を切り分けます⁴。
1万円未満に収まる取引は令和11年9月末まで扱いが変わりませんから⁴、先に手を付けるべきは単価の大きい継続的な取引です。
見直しを予定する事業者が4割を超えていた調査結果³を踏まえても、限られた時間で全部に着手するより、金額の効く取引から順に相談するほうが進みます。

自社の取引がどちらの枠に入るかは、1件あたりの税込単価から切り分けると早く整理できます。

制度側の期限は決まっていても、自社のどの取引がどの枠に入るかは、受発注や請求のデータをどの単位で持っているかで見え方が変わります。仕入先ごとの年間合計と1件あたりの単価がすぐに出てこない状態では、どこから相談を始めるかの優先順位を決めきれません。

いま使っている受発注・請求の記録から、仕入先別の年間税込合計と単価の分布をどう集計すれば判断材料になるか、整理の進め方をご相談いただけます。無料相談で要件を整理する

仕入1件あたりの税込単価別・仕入税額控除の扱い早見表

1件あたりの税込支払対価の額と、同じ仕入先への年間合計額という二つの金額基準で並べています。

• 税込1万円未満で、自社が少額特例の対象（基準期間の課税売上高1億円以下または特定期間の課税売上高5,000万円以下）の場合：令和11年9月30日まで、一定事項を記載した帳簿のみの保存で仕入税額控除が認められる⁴。相手が登録をしていなくても扱いは変わらない

• 税込1万円未満でも、自社が少額特例の要件を満たさない場合：原則どおりの保存が必要で、相手が登録していなければその時期の経過措置の割合（令和8年10月から70%、令和10年10月から50%、令和12年10月から30%）で計算する¹

• 税込1万円以上で、同じ仕入先への年間の税込合計が1億円以下の場合：経過措置の割合で控除する¹。割合が変わる時期は令和8年10月・令和10年10月・令和12年10月¹

• 同じ仕入先への年間（その年または事業年度）の税込合計が1億円を超えた部分：経過措置の適用対象外¹。上限は現行の10億円から引き下げられたもので、令和8年10月1日以後に開始する課税期間から適用される²

• 令和11年10月以降：少額特例が終わるため⁴、1万円未満の仕入れも原則どおりの保存が必要になり、令和13年10月以降は経過措置自体がなくなって控除できない¹

自社の基準期間の課税売上高が1億円を超え、特定期間の課税売上高も5,000万円を超える年は少額特例が使えないため、1万円未満の取引も含めてすべて経過措置の割合で判断することになります。

要点の整理

判断する軸	確認する基準
控除割合が変わる時期	令和8年10月から70%、令和10年10月から50%、令和12年10月から30%、令和13年10月以降は控除不可
自社への適用開始	令和8年10月1日以後に開始する課税期間から。決算期によって時期が変わる
仕入先ごとの年間上限	同じ仕入先への税込合計が1億円を超えた部分は経過措置の対象外
少額特例の範囲	1件あたり税込1万円未満・令和11年9月30日まで帳簿のみの保存で控除可
少額特例を使えるか	基準期間の課税売上高1億円以下、または特定期間の課税売上高5,000万円以下
書類の保存	帳簿および請求書等を7年間、6年目と7年目はいずれか一方

価格交渉や登録の相談がまとまった後には、登録番号の管理や、単価による区分を日々の処理に落とし込む作業が残ります。取引先ごとに扱いが分かれると、確認の手間は運用側に集まります。 どの記録をどの時点で確認すれば控除の区分を判断できるか、いまの運用に沿った形での詰め方をご相談いただけます。

よくある質問

少額特例（1万円未満）の対象事業者になるかどうかは何を基準に判定するのですか

仕入れる側、つまり自社の売上規模で判定します。
対象は、基準期間の課税売上高が1億円以下、または特定期間の課税売上高が5,000万円以下の事業者とされています⁴。
仕入先が免税事業者かどうか、相手の規模がどうかは関係ありません。
売上が伸びて要件から外れた年は、同じ1万円未満の仕入れでも原則どおりの保存が必要になりますので、決算のたびに自社が要件の中にいるかを確認しておくと安全です。

一取引先あたり年間1億円の上限は、複数の仕入先の合計額で判定するのですか

仕入先ごとの合計額で判定します。
一のインボイス発行事業者以外の者からの課税仕入れの合計額（税込）が、その年または事業年度で1億円を超える場合に、超えた部分が経過措置の対象外になります¹。
登録番号のない仕入先が何社あっても、それらを足し合わせて1億円と比べるわけではありません。
この上限は現行の10億円から引き下げられたもので、令和8年10月1日以後に開始する課税期間から適用されます²。

経過措置が終わる令和13年10月以降、免税事業者からの仕入れは一切控除できなくなりますか

経過措置による控除は令和13年10月1日以降なくなります¹。
ただし、その仕入先が適格請求書発行事業者として登録すれば、そこから先は通常の仕入税額控除の対象です。
また、古物商特例や再生資源等の特例のように、特定の業種や取引に限って帳簿のみの保存で控除が認められる仕組みもあります¹。
これらは対象が限られた別枠ですので、自社の取引が当てはまるかどうかは個別に確認してください。

帳簿及び請求書等の保存期間7年のうち、6年目・7年目はどちらか一方でよいというのは、具体的にどういう扱いですか

仕入税額控除のための帳簿および請求書等は7年間保存することとされていますが、6年目と7年目についてはいずれか一方を保存すればよいとされています⁴。
つまり、5年目までは帳簿と請求書等の両方、残りの2年は帳簿か請求書等のどちらかが残っていればよい、という形です。
なお、法人税など他の税目にはそれぞれ別の保存の決まりがありますので、消費税のこの扱いだけで書類の廃棄を判断しないようにしてください。

日本商工会議所の実態調査の数値は、自社の業種にもそのまま当てはまると考えてよいですか

業界平均として読むことはできません。
この調査は2025年6月23日から7月31日に、各地商工会議所の会員企業2,710者から回答を得たもので³、全国の全業種を対象にした悉皆調査ではないためです。
免税事業者から仕入等を行う本則課税事業者が43.7%、今後見直しを行う事業者が42.3%という数値³は、こうした状況が珍しくないことを示す傾向として受け取り、自社の判断は仕入先ごとの金額と単価から組み立てるのが確実です。

1. 1　出典：国税庁「令和8年度税制改正特集（インボイス制度関係） インボイス制度の仕入税額控除に係る経過措置」（2026年）
2. 2　出典：財務省「令和8年度税制改正の大綱」（2025年）
3. 3　出典：日本商工会議所・東京商工会議所「中小企業におけるインボイス制度等に関する実態調査」（2025年）
4. 4　出典：国税庁「タックスアンサー No.6496 仕入税額控除をするための帳簿及び請求書等の保存」（2025年）