BtoB ECのインボイス制度対応｜要件と2026年改正

◆監修・編集責任者　小園 将隆　2026年8月18日

B2B EC-COLUMN

BtoB ECのインボイス制度対応とは — 4つの対応事項と3つの期限

BtoB ECのインボイス制度対応とは、ECサイトが発行する請求書等に適格請求書の記載事項を漏れなく出力し、交付した書類の写しと、サイトを通じて授受した取引データを法定の要件で保存できる状態にすることです^*1*2*3。対応すべき事項は、①請求書等への記載事項の出力、②交付した書類の写しの保存、③電子取引データの保存、④取引先の登録状況管理の4点です。

この記事は、BtoB EC・Web受発注サイトを運用する事業側の担当者と、情報システム・経理部門の担当者を主な読者と想定しています。インボイス制度そのものの解説ではなく、自社のECサイトで、どの項目を、どう出し、どう保存すればよいかという実装レベルの論点に絞って整理します。なお、税務上の解釈は個別の取引実態によって異なるため、最終的な適用判断は所轄税務署または税理士に確認することをお勧めします。

ECが発行する請求書に必要な記載事項6項目

適格請求書とは、売手が買手に対して正確な適用税率や消費税額等を伝えるための、一定の記載事項を満たした請求書等をいいます^*1。国税庁No.6625によると、記載事項は次の6項目です^*1。

適格請求書の記載事項6項目とECの出力項目対応（国税庁No.6625）

納品書と請求書に分けて記載事項を満たす場合の書類間整合

納品書と請求書を合わせて記載事項を満たす方式を取る場合は、両方の書類の相互の関連が明確になるようにする必要があります^*1。具体的には、両方の書類に共通の取引番号や注文番号を出力し、登録番号や税率区分の内容がどちらの書類を見ても一致するように設計します。ECと基幹システムで税区分マスタを別々に持つと、この整合が崩れやすくなる点に注意が必要です。

交付した適格請求書の「写し」の保存義務と保存期間7年間

発行側にはもう一つ、交付した適格請求書等の写しを保存する義務があります^*2。保存期間は、その閉鎖または受領した日の属する課税期間の末日の翌日から2か月を経過した日から7年間です^*1。6年目と7年目については、帳簿または請求書等のいずれか一方を保存すればよいという緩和措置があります^*1。ECが自動発行する請求書PDFをシステム側で保存していない場合、この写しの保存義務が抜け落ちやすい部分です。

ECサイト経由の取引は電子帳簿保存法上の電子取引に該当する

電子取引の定義とBtoB ECが該当する根拠（電帳法2五）

電子帳簿保存法上、電子取引とは、契約や取引に関して通常紙で交わされる書類に記載される情報を、電子的に授受する取引を指します^*3。国税庁「電子帳簿保存法の概要」は、電子取引の具体例として、EDI取引、インターネット等による取引、電子メールにより取引情報を授受する取引（添付ファイルによる場合を含む）、そして「インターネット上にサイトを設け、そのサイトを通じて取引情報を授受する取引」を挙げています^*3。BtoB ECサイトを通じて注文データや請求書データをやり取りする取引は、この最後の類型に直接該当します。

EDI・メール添付・サイトからのダウンロードはいずれも対象

EDI取引、メール添付、そしてECサイトからのダウンロード方式のいずれも電子取引に含まれるため、保存方法が異なっても保存義務の有無は変わりません^*3。所得税法・法人税法上の保存義務者は、電子取引した場合、一定の要件の下でその電磁的記録を保存しなければなりません^*3*4。この保存義務は、紙の帳簿書類を画像データで保存する制度（電帳法4に基づくスキャナ保存等）とは別の規定である点に注意が必要です。電子取引データはそもそも紙で受け取っていないため、スキャナ保存の対象にはならず、電磁的記録のまま保存する必要があります。

電子取引データの保存を怠った場合のリスクと設計上の論点

この保存義務を誤って軽視すると、税務調査で電子取引データの提示を求められた際に対応できず、青色申告の承認取消しなど事業運営上のリスクにつながりかねません。ECの請求書出力機能を内製で構築する場合、検索要件（取引年月日・取引金額・取引先での検索）や改ざん防止措置まで含めて設計する必要があり、法務・税務・システムの3領域の知識を横断する作業になります。

【2026年改正】経過措置はこう変わる

2割特例は令和8年9月30日の属する課税期間で終了

令和8年度税制改正では、免税事業者等からの仕入れにかかる経過措置の期間と割合が見直されます^*5。まず、免税事業者からインボイス発行事業者になった小規模事業者が、納付税額を売上税額の2割に抑えられる2割特例は、令和5年10月1日から令和8年9月30日までの日の属する各課税期間が対象です^*6。特別控除税額は、売上税額から売上対価の返還等にかかる消費税額を控除した残額の100分の80です^*6。事前の届出は不要で、確定申告書に適用を受ける旨を付記します^*6。

8割控除から7・5・3割控除への段階的な縮小

次に、免税事業者等からの課税仕入れについて一定割合を仕入税額とみなして控除できる経過措置は、期間ごとに控除割合が縮小します。改正前は令和8年10月から3年間50%とされていましたが、改正後は適用期限を2年間延長したうえで割合が見直されます^*5。

控除できない仕入額の閾値は1億円に引き下げ（改正前10億円）

あわせて、控除の適用対象から外れる仕入額の閾値も変わります。一のインボイス発行事業者以外の者からの課税仕入れの合計額（税込み）が年または事業年度で1億円を超える場合、その超えた部分については経過措置を適用できません^*5。改正前の閾値は10億円でしたが、令和8年10月1日以後に開始する課税期間から1億円に引き下げられます^*5。年間の仕入取引が多いBtoB ECほど、この閾値に早く到達する可能性があります。

少額特例（税込1万円未満）は令和11年9月30日まで

少額特例についても期限を確認しておく必要があります。税込1万円未満の課税仕入れは、インボイスの保存がなくても一定事項を記載した帳簿の保存のみで仕入税額控除が可能です^*7。対象者は基準期間の課税売上高1億円以下、または特定期間の課税売上高5千万円以下の事業者で、適用対象期間は令和5年10月1日から令和11年9月30日までです^*7。判定は一回の取引にかかる課税仕入れの金額（税込）で行うため、5,000円の商品と7,000円の商品を同一取引でまとめて仕入れた場合は合計12,000円となり、少額特例の対象外になります^*7。商品単位ではなく取引単位で判定する点を、運用ルールに落とし込む際に混同しないよう注意が必要です。

可視化したこの縮小スケジュールを自社の取引データに当てはめて確かめるには、無料相談で要件を整理するのが近道です。取引先ごとの登録状況とあわせて確認すると、影響範囲を具体的に把握できます。

取引先に免税事業者が含まれる場合の実務

ECの取引先マスタに持たせるべき登録番号・登録年月日・失効の有無

経過措置の控除割合を正しく適用するには、取引先ごとの登録状況をECの取引先マスタで管理する必要があります。具体的には、登録番号、登録年月日、失効の有無、確認日の4項目を保持すると、控除割合の判定に必要な情報が揃います。登録番号は、国税庁が提供する適格請求書発行事業者公表サイトで確認できます^*10。

取引先への働きかけで問題となる公正取引委員会等Q&Aの6類型

取引先が免税事業者のままである場合、EC側の担当者が登録を促したくなる場面は多いはずです。ここで注意が必要なのは、働きかけの方法によっては独占禁止法・下請法上問題となるおそれがある点です。財務省・公正取引委員会・経済産業省・中小企業庁・国土交通省が公表する「免税事業者及びその取引先のインボイス制度への対応に関するQ&A」（令和8年1月30日改正版）のQ7では、問題となるおそれのある行為として、①取引対価の引下げ、②商品・役務の成果物の受領拒否・返品、③協賛金等の負担の要請等、④購入・利用強制、⑤取引の停止、⑥登録事業者となるような慫慂等の6類型を挙げています^*8。

この6類型が示す通り、問題視されるのは免税事業者側の対応ではなく、発注者側が一方的に不利益を押し付ける行為です。取引を打ち切られることを恐れて免税事業者が無理に登録するよう仕向けるのではなく、取引条件の見直しは双方の合意のもとで進める必要があります。制度対応の説明文面を作成する際は、公正取引委員会の相談窓口の案内も含めて中立的な内容にとどめることが望ましいといえます^*9。

経過措置の控除割合を取引ごとに正しく当てるための設計

実務上は、取引先マスタの登録状況と経過措置の控除割合を連動させる設計が要になります。控除割合は取引先ごとに異なるため、請求データを税務処理に渡す際に、登録番号の有無・登録年月日を突き合わせるロジックが必要です。この突き合わせを手作業のExcel管理で続けると、令和8年10月の割合変更のタイミングで反映漏れが起きやすくなります。

対応チェックリストと進め方

ここまでの内容を、発行側・受領側の実務チェックリストとして整理します。自社の対応状況を照らし合わせる形で確認してください。

発行側チェックリスト：記載事項・写しの保存・書類間整合

受領側チェックリスト：電子取引データの保存・検索性

自社対応か、パッケージ側で吸収するかの判断軸

このチェックリストを内製のみで満たそうとすると、税務・法務・システムの3領域を横断する知識が必要になります。特に、税率ごとの端数処理ロジック、電子取引データの検索要件、取引先マスタと税区分マスタの同期は、汎用的なカートシステムでは標準機能として用意されていないことが多く、個別の開発工数がかかります。将来的には、Peppolという国際標準をベースにしたデジタルインボイスの日本向け標準仕様「JP PINT」も選択肢に挙がります。デジタル庁がJapan Peppol AuthorityとしてJP PINTの管理を担っており^*11、請求データの授受を標準化する動きとして押さえておく価値があります。ただし現時点でBtoB EC事業者への導入が広がっている段階ではなく、本記事の主題である法定要件への対応が優先事項です。

自社対応かパッケージ側で吸収するかを判断する軸は、卸売業特有の商習慣（締め請求、取引先別価格、複数書類での記載事項充足）をどこまでシステムが標準機能として持っているかです。この部分は汎用カートでは個別開発が必要になりやすく、日本の商習慣に合わせた機能を持つBtoB ECパッケージの方が、開発工数を抑えて対応できる場合があります。

RFPに書くべき要件文の例

RFPに要件を書く際は、「インボイス制度対応」という抽象的な表現ではなく、「適格請求書の記載事項6項目を出力できること」「交付した書類の写しを7年間保存できること」「電子取引データを検索要件を満たして保存できること」「取引先の登録状況と経過措置の控除割合を連動できること」のように、本記事で整理した4項目を具体的に明記すると、提案内容を比較しやすくなります。

まとめ：BtoB ECのインボイス制度対応で押さえる3つの軸

本稿では、BtoB ECのインボイス制度対応を「記載事項の出力」「保存義務」「経過措置」の3つの軸で整理しました。第一に、適格請求書の記載事項6項目をEC側の出力項目・マスタ項目に対応づけ、発行側の写しの保存義務まで含めて設計する必要があります^*1*2。第二に、ECサイト経由の取引は電子帳簿保存法上の電子取引に該当し、受領側には別建ての保存義務が発生します^*3。第三に、令和8年度税制改正により免税事業者等からの仕入れにかかる控除割合が70%へ縮小し、控除できない仕入額の閾値が1億円に引き下げられるため、取引先マスタの整備が急務になります^*5。令和8年10月1日以後に開始する課税期間からの適用となるため、施行前に自社の対応状況を確認しておくことをお勧めします。

---

ご不明な点はお問い合わせフォームからもご連絡いただけます。

よくある質問

BtoB ECで請求書をPDFでダウンロードさせる場合、紙の保存は必要ですか。

紙での保存は不要ですが、電子データのまま保存する必要があります。ECサイト上でPDFをダウンロードさせる方式は、国税庁が示す電子取引の類型（インターネット上にサイトを設け、そのサイトを通じて取引情報を授受する取引）に該当するためです^*3。ダウンロードしたPDFを紙に印刷して保存する運用は、電子帳簿保存法上の電子取引データの保存要件を満たしません。

適格請求書の写しは、EC上のデータ保管でも「保存」に当たりますか。

交付した適格請求書等の写しの保存義務は、書面での保存に限定されていません^*2。ECシステム上で請求書データを保存し、必要に応じて出力・確認できる状態であれば、写しの保存として扱われます。保存期間は課税期間の末日の翌日から2か月を経過した日から7年間で、6年目・7年目は帳簿または請求書等のいずれか一方でよいとされています^*1。

取引先が免税事業者のままの場合、令和8年10月以降はどれだけ控除できますか。

令和8年10月1日から2年間は、課税仕入れにかかる消費税額相当額の70%を仕入税額とみなして控除できます^*5。現行の80%控除からの縮小です。あわせて、一のインボイス発行事業者以外の者からの課税仕入れの合計額（税込み）が1億円を超える場合、超えた部分は控除の対象外になります^*5。取引先ごとの登録状況と自社の年間仕入額を照らし合わせて確認する必要があります。

少額特例の「1万円未満」は商品単位ですか、取引単位ですか。

取引単位で判定します^*7。一回の取引にかかる課税仕入れの金額（税込）で判定するため、5,000円の商品と7,000円の商品を同一取引でまとめて仕入れた場合は合計12,000円となり、少額特例の対象外です^*7。商品単位で分割して判定することはできません。

登録番号が失効した取引先を、ECはどう検知すればよいですか。

国税庁の適格請求書発行事業者公表サイトで、取引先の登録番号の有効性を確認する方法があります^*10。ECの取引先マスタに登録番号・登録年月日・失効の有無・確認日を保持しておき、定期的に公表サイトと突き合わせる運用にすると、失効を検知しやすくなります。自動化する場合は確認頻度と確認日の記録方法をあらかじめ決めておくことが大切です。

1. *1　出典：国税庁「No.6625 適格請求書等の記載事項」（令和7年4月1日現在法令等）
2. *2　出典：国税庁「No.6498 適格請求書等保存方式（インボイス制度）」
3. *3　出典：国税庁「電子帳簿保存法の概要」
4. *4　出典：国税庁「電子帳簿等保存制度特設サイト」
5. *5　出典：国税庁「令和8年度税制改正特集」
6. *6　出典：国税庁「２割特例（インボイス発行事業者となる小規模事業者に対する負担軽減措置）の概要」
7. *7　出典：国税庁「少額特例（一定規模以下の事業者に対する事務負担の軽減措置）の概要」
8. *8　出典：財務省・公正取引委員会・経済産業省・中小企業庁・国土交通省「免税事業者及びその取引先のインボイス制度への対応に関するQ&A」（令和8年1月30日改正）
9. *9　出典：公正取引委員会「インボイス制度関連コーナー」
10. *10　出典：国税庁「適格請求書発行事業者公表サイト」
11. *11　出典：デジタル庁「JP PINT（日本におけるデジタルインボイスの標準仕様）」