納品書の電子保存｜法令要件と実務対応の進め方

◆監修・編集責任者　小園 将隆　2026年9月3日

B2B EC-COLUMN

納品書の電子保存とは

納品書の電子保存とは、受け取った納品書を紙に出力せず、電磁的記録のまま保存する取り扱いです。電子帳簿保存法では保存の方法が3つに区分され、電子帳簿等保存・スキャナ保存・電子取引データ保存に分かれます^*2。どの区分に当てはまるかは、書類をどう受け取ったかで決まります。データで受け取った納品書は電子取引データ保存、紙で受け取った納品書はスキャナ保存として整理するのが出発点です。区分ごとに求められる要件が違うため、最初の切り分けを誤ると後の運用が噛み合いません。

電磁的記録とは、電子的方式や磁気的方式で作られ、人の知覚では直接認識できない記録を指します。納品書のPDFや、EDI（電子データ交換。取引データを企業間でやり取りする仕組み）で受信したデータは、これに当たります。紙へ出力した書面は、電磁的記録の写しにすぎません。データで受け取った取引情報は、書面を残しても保存義務を満たしたことになりません。

3つの区分は義務の性質が異なります。自社が会計システムで作成した帳簿や書類の控えを電子のまま保存するのが電子帳簿等保存で、これは選べる制度です。紙で受け取った納品書を読み取って保存するスキャナ保存も、同じく任意の制度に位置づけられています。これに対してデータで受け取った納品書は電子取引データ保存の対象となり、令和6年1月1日以後は原則としてデータのまま保存することが求められます^*3。

電子取引の範囲は幅広く捉えられています。一問一答では、EDI取引、インターネットによる取引、電子メールで取引情報を授受する取引、インターネット上のサイトを通じて授受する取引が挙げられています^*1。納品書がPDFで添付されていればメールによる授受に当たり、取引先の閲覧サイトから取得した納品書もサイトを通じた授受に含まれます。受け取る経路が違っても、データで授受した事実があれば同じ区分に入ります。

データ保存が間に合わない場合の受け皿も置かれています。相当の理由があると所轄税務署長に認められ、税務調査でデータのダウンロードの求めと書面の提示に応じられるときは、保存時の要件が問われない猶予措置を使えます^*1。ただし、これはデータの保存自体を免除する仕組みではありません。書面だけを残してデータを捨てる運用は、猶予措置の下でも認められないと読み取れます。

対象書類の切り分けでは、書類の重さの区別が効いてきます。納品書は、契約書や領収書と並んで資金や物の流れに直結する重要書類として扱われ、一般書類より厳しい条件が付きます^*1。見積書や注文書の写しなどは一般書類とされ、読み取りの色調などが緩められています。自社が発行した納品書の控えと、取引先から受け取った納品書は、別の区分として台帳を分けておくと混乱を避けられます。

実務で起きやすいのは、同じ取引に紙とデータが併存する状態です。郵送とメール添付の双方で納品書が届く取引先では、データで受け取った分が電子取引データ保存の対象から外れません。紙の同封物を正本とみなして電子データを削除すると、保存義務の側に穴が開きます。どちらを正本とするかは取引先単位で決め、記録として残しておきます。

要件から外れた保存を続けた場合の影響も、あらかじめ押さえておきたいところです。一問一答では、保存要件を満たさない電磁的記録があっても直ちに青色申告の承認が取り消されるものではないとしつつ、事実関係に応じて判断されると示されています^*1。要件を満たさない記録は帳簿書類としての証明力が弱まり、取引の説明に余分な手間がかかります。個別の判断は原典と所轄税務署または税理士への確認に委ねるのが安全でしょう。

電子データで受け取った納品書の保存要件

電子データで受け取った納品書は、改ざん防止の措置・検索機能の確保・見読可能性の確保という3つの要件をそろえて保存します^*1。改ざん防止では、タイムスタンプの付与、訂正削除の履歴が残る仕組み、事務処理規程の備付けなどから選べます。検索機能は、取引年月日・取引金額・取引先の3項目で探せる状態が基本です。画面と書面の双方へ速やかに出力できる環境も欠かせません。

改ざん防止の措置には4つの選択肢が置かれています^*1。送信側でタイムスタンプが付されたデータを受け取る方法、受領後おおむね7営業日以内に自社でタイムスタンプを付す方法、訂正や削除の履歴が残るシステムで授受と保存をする方法、訂正削除の防止に関する事務処理規程を定めて運用する方法です。費用を抑えたい場合は、規程による対応が現実的でしょう。ただし規程は備え付けただけでは足りず、定めた手順どおりに運用した記録が要ります。

検索機能の確保は、記録項目と検索の種類の組み合わせで判定されます。求められるのは、取引年月日その他の日付・取引金額・取引先による検索、日付または金額の範囲を指定した検索、2以上の任意の記録項目を組み合わせた検索です¹。税務調査でデータのダウンロードの求めに応じる場合は、後の2つが不要となります。判定期間の売上高が5,000万円以下の事業者は、同じ求めに応じることで検索機能そのものを備えなくてよいとされています1。

売上高による緩和は、判定する期間の取り方に注意が要ります。判定期間は、個人事業者では電子取引が行われた日の属する年の前々年、法人では前々事業年度とされています^*1。売上高が5,000万円を超えた期があれば、その翌々期には検索機能を備える側へ戻ることになります。売上が伸びている事業者は、緩和に寄りかからず早めに索引の仕組みを用意しておくほうが安全でしょう。

検索の要件は、専用システムがなくても満たせる余地があります。ファイル名に日付・金額・取引先を並べ、表計算ソフトの索引簿と併用する方法が一問一答でも取り上げられています^*1。ただし件数が増えるほど、命名の揺れと入力漏れが検索の穴になります。受領件数が伸びる段階では、システム側に索引を持たせる判断が必要になってきます。

見読可能性の確保は、画面と書面の両方で整然明瞭に読める状態を指します。ディスプレイ・プリンタとその操作説明書を備え付け、速やかに出力できることが条件です^*1。拡大や縮小して表示できることも求められています。クラウドサービスへ保存する場合は、契約の終了後にデータを取り出せるかを先に確かめておきましょう。

3つの要件は独立しておらず、どれか1つが欠けると保存全体が要件を満たさない扱いになります。規程で改ざん防止に対応しても、検索機能が用意できていなければ不足は埋まりません。検索できる保管庫を用意しても、訂正削除の統制がなければ改ざん防止の側が空きます。要件充足は運用との組み合わせで判断されるため、機能の有無だけで結論を出さないほうが確実です。

内製で3要件をそろえるには、税務の要件と自社システムの双方を読める人が要ります。法令の改正を追う担当、保存先の権限を設計する担当、取引先との授受手段を調整する担当が、それぞれ必要になります。担当が1人に集まると、退職や異動で運用が止まります。役割を分け、引き継ぎの手順を文書に残しておくと後の負担を抑えられます。

自社の商流に合わせた要件整理を進めたい場合は、無料相談で要件を整理するのが近道です。

紙で受け取った納品書を電子化する手順

紙で受け取った納品書の電子化は、納品書の受領から原本の廃棄までを一続きの手順として組みます。読み取りは受領後おおむね7営業日以内、または業務処理サイクルを経て最長2か月とおおむね7営業日以内に済ませます¹。読み取りの条件は解像度200dpi以上、赤・緑・青それぞれ256階調以上です1。記録項目の入力と帳簿との相互関連性の確保まで終えて、はじめて原本の廃棄を判断できます。

入力期間の考え方は2通りあります。速やかに入力する方式では、受領からおおむね7営業日以内に読み取りと記録項目の入力を終えます。業務処理サイクル方式では、事務処理規程を定めた上で、最長2か月とおおむね7営業日以内が期限になります^*1。後者は規程の備付けが前提となるため、規程のない状態で2か月の余裕を当て込むと要件から外れてしまいます。

読み取りの条件は数値で定められています。解像度は25.4mmあたり200ドット以上、色調は赤・緑・青それぞれ256階調以上、すなわち24ビットカラー以上です¹。読み取った際の大きさに関する情報も保存しますが、A4以下の書類では不要とされています。あわせて4ポイントの大きさの文字が認識できる状態で読み取れているかを、機器ごとに確かめておきましょう1。

重要書類と一般書類では、読み取りの条件に差があります。見積書や注文書の写しなどの一般書類は、白黒の階調（グレースケール）での読み取りが認められ、事務処理規程を備え付ければ入力期間の制限も外れます¹。納品書は重要書類に当たるため、200dpi以上・赤緑青それぞれ256階調以上と入力期間の双方を満たす必要があります1。同じ機器で両方を扱う場合は、書類の種類ごとに読み取りの設定を分けておきましょう。

読み取ったデータの真実性は、タイムスタンプか履歴管理で担保します。入力期間内に一の入力単位ごとにタイムスタンプを付すか、訂正削除の履歴が残るシステムを使う方法が示されています^*1。読み取り後に画面や書面で内容を確認できる見読の環境も要ります。原本と読み取り結果の突き合わせを誰が確認するかは、手順書に落としておきます。

帳簿との相互関連性の確保は、見落としやすい要件です。納品書のデータと仕訳や取引記録を、伝票番号などの一意の情報で相互に辿れるようにします^*1。番号の付け方が部門ごとに違うと、後から辿れない箇所が残ってしまいます。読み取りの時点で採番の規則をそろえておくと、税務調査での説明が短く済みます。

原本の廃棄は、要件を満たした保存が確認できた後に判断します。一問一答では、入力期間内に読み取りと確認を終えた後であれば、紙の原本を廃棄しても差し支えないとされています^*1。ただし読み取りの不備が後で判明した場合、原本がなければ復旧できません。確認担当者の点検を経てから廃棄する二段構えにすると、取り返しのつかない欠落を避けられます。

電子化を内製で回す場合の負荷も見込んでおきましょう。読み取り機器の設定、解像度と階調の点検、入力期間の管理、規程の改定を、受領のピークと並行して進めることになります。読み取り漏れが1件でも残れば、その取引だけ保存の要件を満たしません。件数の多い月にどこで詰まるかを、移行の前に洗い出しておくのが安全です。

保存期間とインボイス制度との関係

納品書の保存期間は、法人税では原則7年です⁴。青色申告書を提出した事業年度で欠損金額が生じた場合は、10年に延びます4。消費税の仕入税額控除では、適格請求書等を課税期間の末日の翌日から2か月を経過した日から7年間保存します^*5。納品書が記載事項の一部を担う場合、請求書と一体で保存しなければ控除の裏付けになりません。

保存期間の起算点は、書類を受け取った日ではありません。法人税では、事業年度の確定申告書の提出期限の翌日から数えます^*4。3月決算で申告期限が5月末の会社であれば、そこから7年が保存の終わりの目安になります。年度をまたぐ納品書を月単位のフォルダだけで管理すると、廃棄できる時期の判定を誤ります。

10年保存となる場合の扱いも押さえておきましょう。欠損金額が生じた事業年度では、帳簿書類の保存期間が10年になります^*4。この扱いは平成30年4月1日以後に開始した事業年度が対象で、電子データについても同じように当てはまります。保存先のサービスを乗り換える際には、10年分のデータを移せるかどうかを先に確かめておく必要があるでしょう。

消費税の適格請求書には、6つの記載事項が定められています^*5。発行する事業者の氏名または名称および登録番号、取引年月日、取引内容、税率ごとに区分して合計した対価の額と適用税率、税率ごとに区分した消費税額等、書類の交付を受ける事業者の氏名または名称です。納品書と請求書のどちらか一方で全部をそろえる必要はありません。

複数の書類で記載事項を満たす扱いが、Ｑ＆Ａで示されています^*5。請求書に登録番号と税率ごとの合計額を記し、納品書に取引年月日と取引内容を記す形でも、両者の関連が明確であれば適格請求書として扱えます。受け取った側は、請求書と納品書の双方を保存することになります。片方だけを電子で残して、もう片方を捨てる運用は避けましょう。

免税事業者からの仕入れには、経過措置が置かれています。適格請求書発行事業者以外からの課税仕入れについては、令和5年10月1日から令和8年9月30日までは仕入税額相当額の80％、令和8年10月1日から令和11年9月30日までは50％を控除できます^*5。この経過措置の適用にも帳簿と請求書等の保存が要件となるため、納品書を含めた保存の手を抜けません。取引先の登録状況を相手別に記録しておくと、割合が切り替わる時期に慌てずに済みます。

電子と紙が混在すると、保存の完了を判定しにくくなります。請求書はデータで、納品書は紙で届く取引先では、片方が電子取引データ保存、もう片方がスキャナ保存の対象です。両者を同じ取引単位で結び付ける番号を持たせておくと、税務調査での提示が滑らかに進みます。

授受の段階から電子でそろえる道筋として、デジタルインボイスの標準規格があります。国内の標準仕様は国際的な仕様を基礎に策定が進められ、運用の枠組みが公開されています⁶。普及に向けた民間の取り組みも公表されています8。標準規格に沿って授受すれば、納品書と請求書の項目が最初からデータでそろい、保存要件との噛み合わせも取りやすくなります。

電子保存を社内に定着させる進め方

電子保存の定着は、授受手段の棚卸し、事務処理規程の整備、取引先への案内という3段階で進めます。棚卸しでは取引先ごとの整理と保存先の把握を先に済ませ、どのデータがどの区分に当たるかを一覧にします。規程では訂正削除の手順と承認フローの明確化を決め、担当者が判断に迷わない状態を作ります。最後に移行時期の連絡と並行期間の設定を取引先へ示し、紙とデータの二重管理を終わらせましょう。

取引先ごとの整理は、件数の多い相手から着手します。相手別に、納品書の受け取り方、ファイル形式、届く経路、月あたりの件数を並べます。同じ取引先でも部門ごとに経路が違う例が、実務では見られます。保存先の把握では、メールの添付、共有フォルダ、取引先の閲覧サイト、基幹システムのどこにデータが残っているかを突き止めます。

棚卸しの成果は、区分の割り当てに直結します。データで届く分は電子取引データ保存、紙で届く分はスキャナ保存へ振り分け、要件の担い手を決めます。取引先の閲覧サイトからダウンロードする納品書は、掲載の期限を過ぎると取得できなくなる場合があります。取得のタイミングを担当者任せにせず、業務の締め日に組み込んでおきましょう。

事務処理規程の整備では、訂正削除の手順を具体化します。誰の承認で訂正できるのか、削除を認める場合の記録の残し方、事後に発覚した誤りの直し方を書き分けます。電子帳簿保存法の関連資料として規程の記載例が公開されており、自社の職制に合わせて書き換える形で作れます^*2。承認フローの明確化では、受領から保存までの各段で誰が確認するかを1枚の図に落としておくと、運用が揺れません。

規程の様式は、用途ごとに分けて用意されています。公開されている記載例は、電子取引データの訂正削除の防止に関する事務処理規程が法人用と個人事業者用に分かれ、スキャナ保存用の規程などとあわせて示されています^*2。データ保存とスキャナ保存の双方を行う会社では、2種類の規程が必要になります。どの規程がどの取引に当たるかを棚卸しの一覧に紐付けておくと、点検の際の照合が早く済みます。

規程は運用の証拠と一体で意味を持ちます。定めた手順どおりに承認されたかを、システムのログや承認記録で辿れるようにします。担当者が1人しかいない状態では、承認と実行が同じ人に集まり、統制が働きません。人員が限られる場合は、月次で第三者が抜き取り点検する形に置き換える方法が取れます。

取引先への案内は、移行時期の連絡から始めます。いつから納品書をデータで受け取るのか、形式は何を希望するのか、送付先はどこかを1枚の依頼文にまとめましょう。並行期間の設定では、紙とデータの双方が届く期間をあらかじめ決め、その間の正本をどちらにするかを明示します。期間を決めずに始めると、二重保存が常態化して確認の手間が残り続けます。

移行の途中で起きる差し戻しも見込んでおきます。取引先の事務の都合で紙を求められる場合、こちら側だけがデータ保存へ移ることになります。その場合も、データで受け取った分は電子取引データ保存の対象から外れません。案内の返答を相手別に記録し、翌年度の見直しで再度打診する段取りにしておくと前へ進みます。

システム選定で確認したい観点

システム選定では、法的要件に関する認証の有無、受発注から保管までのデータのつながり、税務調査での提示・提出への備えを順に確かめます。電子取引ソフトについては、法的要件を満たすかを第三者が確認する認証制度が運用され、認証を受けた製品の一覧が公開されています^*7。ただし認証は製品の機能を確かめる仕組みであり、要件の充足は運用と組み合わせて判断されます。一覧の内容は掲載時点で変わるため、選定の際に最新の表示を確かめましょう。

認証の有無は、確認の手間を減らす手がかりになります。認証の対象は製品の機能であり、自社の運用まで含めて要件を満たすと保証するものではありません^*7。検索機能を備えた製品でも、取引先・金額・日付の入力を人が省けば検索は働きません。認証は出発点として使い、規程と運用の設計は自社で詰める前提で見ておきます。

認証は保存の区分ごとに分かれています。公表されている一覧では、電子取引ソフト、スキャナ保存ソフト、電子帳簿ソフト、電子書類ソフトといった区分別に認証製品が掲載されています^*7。納品書をデータと紙の双方で受け取る会社は、電子取引ソフトとスキャナ保存ソフトの両方の区分を見る必要があります。1つの製品で複数の区分の認証を受けている例もあるため、区分の表示まで確かめて選びましょう。

受発注から保管までのデータのつながりは、入力の二度手間を減らします。受注データ、出荷データ、納品書、請求書が同じ取引番号で結び付いていれば、相互関連性の確保が自然に満たされます。経路が分かれていると、納品書だけ別の保管庫に残り、突き合わせが手作業になってしまいます。取引先が使う経路の数が増えるほど、この差は日々の工数に表れます。

税務調査での提示・提出への備えは、機能の一覧では見えにくい点です。データのダウンロードの求めに応じられることが、検索要件の緩和や猶予措置の前提になっています¹。求められた範囲だけを抽出し、指定された形式で書き出せるかを確かめておきます。画面での提示に加えて、書面での出力も速やかにできる状態が要ります1。

契約期間と保存期間の関係も、選定時の論点です。法人税の原則7年、欠損金額が生じた事業年度は10年という期間に対し、サービスの契約や料金の条件がどう変わるかを確かめます^*4。解約時にデータを取り出せる形式が限られると、移行の費用が後で膨らみます。保存の終わりまでを見た費用の見積りが要ります。

内製と外部委託の差は、要件を追い続ける負担に表れます。内製では、法令の改正、規程の改定、権限の見直し、検索項目の整備を自社で回すことになります。専門の担当を置けない場合、改正の把握が遅れて要件から外れる期間が生まれます。外部の仕組みに寄せる判断は、この抜けを避けてリスクを小さくするための選択と考えられます。

選定を進めるには、税務の要件、業務の流れ、システムの権限設計の3つを読める体制が要ります。要件を読む担当、業務を棚卸しする担当、保存先を設計する担当が、それぞれ検討の場に出てくる形が望ましいでしょう。1人が兼ねる場合は、判断の抜けを補うために外部の確認を挟みます。個別の適用は原典と所轄税務署または税理士に確認したうえで、運用の設計を固めましょう。

よくある質問

納品書をメールで受け取り、紙に印刷して保存していますが、それだけで足りますか

書面の保存だけでは足りません。データで受け取った納品書は電子取引に当たり、令和6年1月1日以後は原則としてデータのまま保存します^*3。相当の理由が認められる猶予措置の下でも、データの保存自体は求められます^*1。印刷物は補助の位置づけとして扱ってください。

取引先が紙の納品書しか送ってくれない場合はどうなりますか

紙で受け取った分は電子取引ではなく、スキャナ保存の対象です。読み取りは任意の制度なので、紙のまま原則7年保存する選択もできます^*4。読み取る場合は入力期間、解像度200dpi以上、256階調以上などの条件を満たす必要があります^*1。取引先ごとに方針を分けて記録しておくと、運用が揺れません。

事務処理規程だけで改ざん防止の要件を満たせますか

規程による対応は、認められた4つの選択肢の1つです^*1。ただし備え付けただけでは足りず、定めた手順どおりに訂正や削除が承認された記録を残す必要があります。承認と実行が同じ担当に集まる状態では統制が働きにくいため、月次の抜き取り点検などで補いましょう。個別の判断は所轄税務署または税理士に確認してください。

認証を受けた製品を使えば法令の要件は満たせますか

製品の機能が確認されている点は手がかりになりますが、それだけで充足が決まるものではありません^*7。要件は運用との組み合わせで判断され、入力の抜けや規程の不備は製品では埋まりません。認証製品の一覧は掲載時点で内容が変わるため、選定の際に最新の表示を確かめてください。

保存したデータはいつから廃棄できますか

法人税では、確定申告書の提出期限の翌日から原則7年です^*4。欠損金額が生じた事業年度は10年になります^*4。消費税の適格請求書等は、課税期間の末日の翌日から2か月を経過した日から7年間の保存が必要です^*5。年度単位で廃棄できる時期を管理すると、判定を誤りません。

1. *1　出典：国税庁「電子帳簿保存法一問一答（Ｑ＆Ａ）〜令和４年１月１日以後に保存等を開始する方〜（帳簿書類関係・スキャナ保存関係・電子取引関係）」（2026）　経路
2. *2　出典：国税庁「電子帳簿保存法関係（法令・通達・パンフレット・様式の総合案内）」（2026）　経路
3. *3　出典：国税庁「令和６年１月からの電子取引データの保存方法」（2023）　経路
4. *4　出典：国税庁「タックスアンサー No.5930 帳簿書類等の保存期間（令和７年４月１日現在法令等）」（2025）　経路
5. *5　出典：国税庁「消費税の仕入税額控除制度における適格請求書等保存方式に関するＱ＆Ａ」（2025）　経路
6. *6　出典：デジタル庁「ＪＰ ＰＩＮＴ（日本におけるデジタルインボイスの標準仕様）」（2026）　経路
7. *7　出典：公益社団法人日本文書情報マネジメント協会「電子取引ソフト法的要件認証制度および認証製品一覧」（2026）　経路
8. *8　出典：デジタルインボイス推進協議会「デジタルインボイスおよび標準規格の普及に関する公式案内」（2026）　経路