BtoB ECの電子帳簿保存法対応｜保存要件の全体像

◆監修・編集責任者　小園 将隆　2026年8月20日

B2B EC-COLUMN

BtoB ECの電子帳簿保存法対応とは何か

BtoB ECで授受する注文書・請求書等のデータは電子取引に該当します。2024年1月以後は、改ざん防止措置・検索機能等の要件を満たしてデータのまま保存する義務があります^*1。

BtoB ECの電子帳簿保存法対応とは、ECサイトやEDIを通じて授受した注文書・請求書・納品書等のデータを保存する取り組みです。EDI（企業間で受発注データ等を電子的にやり取りする仕組み）を含め、紙に出力するのではなくデータのまま保存します。改ざん防止措置・見読可能性・検索機能の要件を満たすための、システムと社内規程の整備を指します。

電子帳簿保存法（正式名称：電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律）は、大きく3つの区分に分かれます。自社で作成した帳簿・書類をデータのまま保存する「電子帳簿等保存」、紙で受領した書類をスキャナで読み取り保存する「スキャナ保存」の2つです。これに加え、電子的に授受した取引情報を保存する「電子取引データ保存」があります。BtoB ECの文脈で義務として対応が求められるのは、このうち電子取引データ保存だけです。電子帳簿等保存とスキャナ保存は任意の制度であり、選択しなくても差し支えありません。

電子取引とは、取引情報の授受を電磁的方式で行う取引をいいます（法第2条第5号）^*3。国税庁の一問一答は具体例として、EDI取引、インターネット等による取引を挙げています。電子メール（添付ファイルを含む）、ペーパーレス化されたFAX、サイトを通じた取引情報の授受も含まれます^*1。BtoB ECの受発注・請求・納品に関するやり取りは、この定義にほぼそのまま当てはまります。

紙に出力して保存すれば足りると考えている担当者も少なくありませんが、その理解は令和3年度の税制改正以降の実務と食い違います。かつて存在した「出力書面等による保存措置」は同改正で廃止されており、現在は出力書面だけの保存では要件を満たせません^*1。この点は本記事全体を通じた大前提になります。

なお、消費税の仕入税額控除に関わる適格請求書（インボイス）の記載事項や経過措置は、本記事では扱いません。国税庁の解説ページ^*6に整理がありますので、そちらをご参照ください。本記事の主題は一貫して「授受したデータをどの要件で保存するか」です。

保存対象になるデータを棚卸しする

電子帳簿保存法への対応は、要件の学習より先に、自社が保存すべきデータの棚卸しから始まります。BtoB ECでは授受の経路が複数あり、経路ごとに必要な措置が異なるためです。

一問一答は、電子取引の授受経路を7類型に整理しています^*1。メール添付・サイトからのダウンロード・クラウドサービス・決済データ・EDIシステム・ペーパーレスFAX・記録媒体です。BtoB ECではこのうち大半が発生しうるため、経路ごとに扱いを整理する必要があります。

特にBtoB ECで間違えやすいのが、クラウドサービスと決済データ・EDIの扱いです^*1。訂正削除の記録が残る、または訂正削除ができないシステムで授受・保存していれば、それだけで改ざん防止の要件を満たしうると考えられます。一方で、クラウド上に一時保存されたデータをいったんダウンロードして別の場所へ保存し直す運用では、メール添付やサイトDLと同じ扱いになります。データを動かした時点で扱いが変わる点に注意が必要です。

対象書類の範囲は、注文書・契約書・送り状・領収書・見積書その他これらに準ずる書類に通常記載される事項です^*1。売上・仕入に関するデータだけでなく、水道光熱費や旅費交通費など事業上の費用に関するデータも含まれます。逆に、書き損じや検討段階の粗い見積書、取引を希望する会社から一方的に送られてくる見積書は、保存が不要と考えられています^*1。

なお、締め請求書・支払サイトに関する取引の要件は本記事では扱いません。締め請求書データも保存対象に含まれる点だけ押さえ、詳細は別記事で確認してください。

満たすべき保存要件の全体像

電子取引データ保存の要件は、①改ざん防止措置（真実性の確保）②見読可能性③検索機能④システム関係書類の備付け、の4系統に整理できます。ここが本記事の中核です。

改ざん防止措置は、4つの選択肢のいずれかを満たせばよい設計です（規則第4条第1項第1〜4号）^*2。第1号は送信側でタイムスタンプが付された後に授受する方法、第2号は受領後速やかに、または業務処理の通常期間を経過した後速やかにタイムスタンプを付す方法です。第3号は、訂正・削除の事実と内容を確認できる、または訂正・削除ができない電子計算機処理システムで授受・保存する方法です。第4号として、正当な理由がない訂正削除の防止に関する事務処理規程を定め、規程に沿って運用し、これを備え付ける方法も認められています。

BtoB ECでは、システムで担保できる範囲を第3号でカバーし、担保しきれない部分を第4号の規程で補う組み合わせが現実的です。複数の措置が混在すること、格納先を複数に分けることも認められています^*1。全社統一の仕組みが整うのを待たずに着手できる根拠になります。保存サービスの利用規約でデータの訂正等を制限している場合も、事務処理規程に準じる方法として認められうるとされています^*1。

検索要件は、取引年月日その他の日付・取引金額・取引先の3項目です。ダウンロードの求めに応じられるようにしていれば、範囲指定と組み合わせ検索の対応までは不要になります^*2。さらに、検索機能の確保そのものが不要になる場合が2つあります。1つは、判定期間に係る基準期間の売上高が5,000万円以下の事業者です（営業外収入や雑収入は含みません）^*1。もう1つは、電子取引データの出力書面を取引年月日その他の日付及び取引先ごとに整理して提示・提出できるようにしている場合です^*1。いずれもダウンロードの求めに応じられることが前提になります。

BtoB ECを導入する規模の企業では、売上高が5,000万円を超えることが多いため、検索要件の確保が実務上の焦点になります。自社の数字で要件の要否を確かめるには、無料相談で要件を整理するのが近道です。

要件を満たせないときの猶予措置

要件を満たせない場合の扱いは、読者の誤解が最も多い論点です。宥恕措置と猶予措置の違いを正確に理解する必要があります。

令和5年12月31日までの電子取引に適用されていた宥恕措置では、出力書面のみの保存で足りるとされていました。これに対し、令和6年1月1日以後の電子取引に適用される猶予措置では、出力書面だけでは足りず、電子データそのものも保存しておく必要があります^*1。ここが両者の分かれ目です。

猶予措置は3つの条件で構成されます（規則第4条第3項）^*2。税務署長が「相当の理由」があると認めること、電子データを保存すること、その出力書面（整然とした形式・明瞭な状態）を保存すること、の3つです。電子データと出力書面のいずれも、提示・提出の求めに応じられる状態にしておく必要があります。

「相当の理由」とは、システムや社内のワークフローの整備が間に合わないなど、要件に従って保存する環境が整っていない事情を指します。検索機能の準備が間に合わない場合も含まれます^*1。一方で、システムやワークフローが整っており要件どおりに保存できる状況もあります。この場合、資金繰りや人手不足等の理由がなく保存していないなら、猶予措置の対象になりません^*1。事前申請は不要です^*1が、環境が整うまでの一時的な措置として設計する必要があり、恒久的な逃げ道として位置づけるべきではありません。

災害その他やむを得ない事情がある場合でも、保存義務そのものが免除されるわけではない点も押さえておきましょう^*1。

要件どおりに保存できなかった事実だけで、直ちに青色申告の承認が取り消されるわけではありません。経費や仕入税額控除が一律に認められなくなるものでもないことが、一問一答で示されています^*1。ここは煽らずに正確に伝えるべき点です。ただし、次章で扱う重加算税の加重は別の話であり、両者を混同しないことが重要です。

令和9年1月1日施行・重加算税10％加重とその除外措置

電子取引データに関連する隠蔽・仮装があった場合、重加算税に10％の加重措置が適用されます（法第8条第5項）^*3。対象は、データの削除・改ざんによる売上除外や経費の水増しに限りません。保存データの内容が取引実態を表していない場合、たとえば架空取引の記録なども含まれます^*1。

その一方で、令和7年度税制改正により、この加重措置の適用対象から除外される仕組みが新設されました。デジタルシームレス保存と呼ばれる考え方です。「国税庁長官が定める基準に適合するシステム」を利用し、規則第5条第5項各号の要件を満たして送受信・保存された電子取引データがあります。この場合、隠蔽・仮装があっても重加算税の加重措置の適用対象から除外されます^*1。この規定は令和9年（2027年）1月1日以後に施行されるものであり、2026年8月時点ではまだ施行されていません。「すでに使える措置」と誤解しないよう注意してください。

基準の中身は、令和7年国税庁告示第2号で定められています^*1。対象となるデータ形式は2種類です。1つは「Peppol BIS Standard Invoice JP PINT」の仕様に従うXML形式データです。自己請求の場合は「JP BIS Self-Billing Invoice」の仕様も認められます。いずれもPeppolネットワーク（電子文書をやり取りするための国際的な標準規格網）を通じてやり取りされたデジタルインボイスが対象で、仕様はデジタル庁が管理・公表しています^*5。もう1つは、預金者等の委託を受けて金融機関等が行う為替取引、いわゆる銀行決済の電子取引データです。

落とし穴もあります。JP PINTの仕様に従って作成されたXMLであっても、メールに添付して提供されたものは対象になりません。Peppolネットワークを経由していることが要件だからです^*1。また、PDFは形式によって扱いが分かれます。テキスト埋込形式・画像形式のPDFは、OCR等でデータを抽出する必要があるため基準を満たせません。一方、XML等のデータを添付したデータ添付形式のPDFであれば、要件を満たして保存できる場合があります^*1。データの中身が同じでも、経由した経路と形式で扱いが分かれる点に注意が必要です。

適用を受けるには、あらかじめ特例適用届出書の提出が必要です^*1。使用するシステムの全面的な変更があった場合は、変更届出書の提出も必要です。訂正削除履歴の確保・電子取引データとの相互関連性の確保に関わる大幅な変更も対象になります（同一ソフトのバージョンアップは対象外です）^*1。

この論点は、BtoB ECのシステム選定・リプレイス検討に直結します。現行システムのままで令和9年1月以降の除外措置に乗れるのか、Peppol対応の有無をいつ要件定義に含めるのかは、自社だけでは判断しにくい領域でしょう。将来の税務リスクの差につながる観点のため、選定要件への組み込みを検討する価値があります。

ECパッケージで担保できる範囲と自社で決める範囲

ここまでの要件を踏まえると、「電帳法対応」を掲げるECパッケージが、実際にどこまでを担保しているのかを分解する必要があります。

△と−が並ぶ行が、システムだけでは埋まらない自社の宿題です。具体的には、保存対象データの棚卸し、保存場所を一元化するルール、事務処理規程の整備と運用、そして除外措置を使う場合の届出が該当します。「電帳法対応」という表記だけを鵜呑みにせず、この4点が自社側で完了しているかを確認する必要があります。

RFP（提案依頼書）や要件定義には、次のような要件文を書き込むと、ベンダー選定の判断がしやすくなります。改ざん防止措置の方式（第3号か第4号か）、検索の記録項目とダウンロード提供形式、保存期間と保存場所、Peppol対応の可否、JIIMA認証の有無です。

JIIMA（公益社団法人日本文書情報マネジメント協会）という団体があります。市販のソフトウェア等が電子帳簿保存法の機能要件に適合しているかを確認し、認証する制度を運営しています^*1。認証を受けた製品は、機能要件を満たすものと判断する材料になります。ただし、初期設定によっては機能要件を満たさない状態になっている場合もあるため、取扱説明書等で認証番号や設定内容を確認することが必要です^*1。

この責任分界をどう引くかは、システムの機能一覧だけでは判断がつきません。自社の業務フローと照らし合わせて整理する必要があるため、要件定義の段階で外部の視点を入れることが有効な場面もあります。この作業を内製で完結させる場合は、電帳法の要件知識に加え、自社の受発注フロー全体を把握した担当者が必要です。法務・経理・情報システムの部門間調整にも工数がかかります。

対応チェックリスト

最後に、着手順に沿った対応の流れを整理します。

個別の取引が要件をどこまで満たしているか、猶予措置を使えるかどうかの最終判断は、所轄の税務署や顧問税理士への確認をおすすめします。本記事は一問一答等の一次情報にもとづく一般的な整理であり、個別事案の税務判断を代替するものではありません。

まとめ：BtoB ECの電帳法対応で押さえる3つの軸

本稿では、BtoB ECの電子帳簿保存法対応を、保存対象の棚卸し・保存要件・将来の除外措置という3つの軸で整理しました。第一に、授受経路ごとに電子取引への該当と必要な措置を確認することです。第二に、改ざん防止措置・見読可能性・検索機能・システム関係書類の備付けという4系統の要件を、システムと自社の規程で分担して満たすことです。第三に、令和9年1月施行の重加算税加重の除外措置を、将来のシステム選定要件としていまから検討しておく必要があります。この3点を押さえれば、「対応済み」の中身を自社で判断できる状態に近づきます。

BtoB ECの導入・リプレイスを工程全体で検討している場合は、導入の進め方全体を扱った記事もあわせてご確認ください。

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ご不明な点はお問い合わせフォームからもご連絡いただけます。

よくある質問

BtoB ECでやり取りした注文データを、印刷して紙で保存するだけでは駄目ですか。

データそのものの保存が必要です。令和3年度の税制改正で出力書面等による代替保存の措置が廃止されたため、紙の保存だけでは電子取引データ保存の要件を満たせません^*1。改ざん防止措置・検索機能等の要件を満たしてデータを保存する必要があります。

検索機能を用意しなくてよいのは、どのような会社ですか。

判定期間に係る基準期間の売上高が5,000万円以下で、ダウンロードの求めに応じられる事業者は、検索機能の確保が不要です^*2。令和5年12月31日までの取引は基準額が1,000万円のため、新旧を混同しないよう注意してください。

取引先から受け取った請求書PDFにタイムスタンプが付いていない場合、どうすればよいですか。

受領後に自らタイムスタンプを付す方法、訂正削除の記録が残るシステムでの保存、事務処理規程による運用のいずれかで対応できます^*2。複数の措置が混在していても認められます^*1。

猶予措置を使うのに、税務署への事前申請は必要ですか。

事前申請は不要です^*1。ただし、税務署長が「相当の理由」があると認める場合に限られます。環境が整っているにもかかわらず保存していない場合は適用されません。

重加算税の加重措置の除外を受けるには、どのようなデータ形式が必要ですか。

Peppolネットワークを通じてやり取りされたJP PINT準拠のXML形式のデジタルインボイス、または銀行決済の電子取引データのいずれかが必要です^*1。この除外措置は令和9年1月1日以後に施行されるため、現時点ではまだ適用されていません。適用には特例適用届出書の提出も必要です。

1. *1　出典：国税庁「電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】」（令和8年7月）
2. *2　出典：e-Gov法令検索「電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律施行規則」
3. *3　出典：e-Gov法令検索「電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律」
4. *4　出典：経済産業省「令和6年度電子商取引に関する市場調査の結果を取りまとめました」（2025年8月26日公表）
5. *5　出典：デジタル庁「電子インボイス／デジタルインボイス（JP PINT）」
6. *6　出典：国税庁「消費税の仕入税額控除制度における適格請求書等保存方式（インボイス制度）」