Eコマース費用の全体像｜4つの層と法人取引の差分

◆監修・編集責任者　小園 将隆　2026年8月29日

B2B EC-COLUMN

Eコマースの費用とは、初期費用・継続費用・売上連動費用・社内工数の4つの合計である

Eコマースの費用とは、初期費用・継続費用・売上連動費用・社内工数の4つを合計した額です。国内のBtoB-EC市場規模は514.4兆円、EC化率は43.1%に達しています^*1。

4つの層を分けて考える理由は、システムの契約金額だけを見ても費用の全体像はつかめないためです。ベンダーの見積書に載るのは、主に初期費用と継続費用の一部にすぎません。

決済手数料のような売上連動費用や、担当者が要件整理・運用に投じる社内工数は、見積書には現れにくい層です。この2つを見落とすと、稼働後に想定外の負担が発覚することになります。

システムの契約金額と、事業として発生する費用は範囲が異なります。契約金額はベンダーへの支払いを指しますが、Eコマースの費用にはそれ以外の社内側のコストも含まれます。

例えば、要件を整理する担当者の稼働時間や、取引先ごとの運用ルールを社内に定着させる工数です。これらは請求書には載りませんが、事業として負担する実質的な費用にほかなりません。

費用の内訳は、BtoCとBtoBでEC化率も市場規模も異なる

経済産業省の調査によると、2024年の国内BtoC-EC市場規模は26.1兆円（前年24.8兆円・前年比5.1%増）でした^*1。同年のBtoB-EC市場規模は514.4兆円（前年465.2兆円・前年比10.6%増）です^*1。

EC化率（全ての商取引金額に対する電子商取引市場規模の割合）は、BtoCで9.8%、BtoBで43.1%となっています^*1。なお算出対象は、BtoC-ECでは物販系分野、BtoB-ECでは業種分類上「その他」以外とされた業種に限られる点に注意が必要です^*1。

この差が示すのは、法人取引ではすでに取引の半数近くが電子化されているという事実です。裏を返せば、Eコマースの費用を検討する法人担当者は、既存の紙・電話・FAXの取引フローを置き換える前提で費用を見る必要があります。

検索で見つかる費用相場の多くは、不特定多数の消費者に商品を販売するBtoC-ECを前提に書かれています。法人取引では「不特定多数への販売」ではなく「既存取引先との継続取引」を前提に費用が積まれる点が、根本的に異なります。

この前提の違いが、次章以降で扱う各費用層の内訳にも影響します。

初期費用は、構築方式ではなく要件の粒度で決まる

初期費用には、要件定義・設計・構築・データ移行・既存システムとの接続試験が含まれます。これらの工程をどこまで詳細に詰めるかによって、同じ構築方式でも金額は大きく変わります。

方式別の具体的な費用レンジについては、別途資料（BtoB ECの費用相場・構築方式別）で解説しています。

同じ方式を選んでも金額が数倍に変わる背景には、非機能要求（性能・可用性・セキュリティなど、機能そのものではない要件）の水準が決まっていないという事情があります。情報処理推進機構（IPA）は、非機能要求グレードの活用によって「情報システム費用の説明根拠の明確化」という効果が発注者側にあると整理しています^*6。

つまり、非機能要求の水準を発注者側があらかじめ言語化できているかどうかが、見積の粒度を左右するということです。水準が曖昧なまま見積を依頼すると、ベンダーごとに前提が異なり、金額の比較自体が難しくなります。

見積の粒度が粗いほど、後から追加費用が発生しやすくなります。要件定義の段階で詰め切れなかった仕様は、設計・構築の工程で判明し、追加の工数として積み増されるためです。

初期費用の内訳を見積の読み方まで含めて確認したい場合は、別途資料（BtoB ECの初期費用の内訳と見積の読み方）を参照してください。

継続費用は、利用料・保守・インフラ・制度対応の4項目に分かれる

継続費用は、システムの利用料（ライセンス料・サブスクリプション料）、保守費用、サーバー等のインフラ費用、そして制度対応費用の4項目に大別できます。利用料と保守は同じ請求書に載ることが多いものの、対象範囲が異なるため別勘定として管理する必要があります。

見積に示された価格がどの課金軸（従量制・定額制・件数制など）に基づくものかを確認する視点は、別途資料（法人向けECの価格・課金軸4タイプ）で整理しています。

継続費用の中で見落とされやすいのが制度対応費用です。国税庁の一問一答によると、電子取引のデータ保存制度とは、所得税（源泉徴収に係る所得税を除く）及び法人税の保存義務者が取引情報を電磁的方式により授受する取引を行った場合に、その取引情報を電磁的記録により保存しなければならないという制度です（法7）^*5。ここでいう取引情報とは、注文書・領収書等に通常記載される事項を指します^*5。

受発注をシステム化するということは、注文書・領収書に相当する取引情報を電子的に授受することにほかなりません。したがって、この保存義務への対応は継続費用の一部として組み込む必要があります。

バージョンアップの費用は、初年度の見積には含まれないことが少なくありません。法改正やセキュリティ要件の変化に応じた追加開発費は、稼働後数年を経てから発生する費用です。

中長期の追加費用をどう計画するかについては、別途資料（BtoB ECのバージョンアップ費用の計画）で扱っています。

売上連動費用は、決済手数料が中心になる

売上連動費用の中心は、クレジットカード決済で加盟店が支払う加盟店手数料（カード決済のたびに販売店がアクワイアラへ支払う手数料）です。公正取引委員会の調査では、平均加盟店手数料率は単純平均2.70%・加重平均1.66%と報告されています^*2。

この調査の母集団はクレジットカード加盟店全体であり、EC事業者個別の契約料率とは異なります^*2。自社が受け取っている見積の料率と、この調査結果を単純に比較しないよう注意してください。

カード決済比率が高いほど、この費用は固定費ではなく変動費として効きます。売上が伸びるほど手数料負担も比例して増える構成だからです。

掛売（請求書を発行し、後日まとめて代金を回収する取引形態）が中心の法人取引では、この層の構成が変わります。都度のカード決済が減る分、決済手数料の比重は相対的に下がる一方、請求・入金消込の事務コストが新たに発生します。

BtoC前提の相場は、法人取引で増減する費用を差し引いて読む

検索で見つかる費用相場の大半はBtoCを前提としているため、そのまま自社に当てはめると実態とずれます。法人取引では増える費用と、減る費用または不要になる費用の両方があるため、差し引いて読み替える必要があります。

増える費用として挙げられるのは、取引先別価格の設定、与信管理を伴う掛売対応、社内の承認フロー、そして基幹システム（会計・在庫管理システム）との連携です。これらはBtoCの不特定多数向け販売では、基本的に想定されない機能要件です。

反対に減る費用、または不要になる費用として挙げられるのは、不特定多数向けの広告出稿費、カゴ落ち対策の費用、そしてカード決済手数料の比重です。既存取引先が中心の法人取引では、新規顧客獲得のための広告費用の必要性が下がります。

差し引きの結果は「安くなる」でも「高くなる」でもなく、費用の置き場所が変わるという結論になります。広告や決済手数料に配分されていた予算の一部が、与信管理や基幹連携といった機能要件に移るということです。

見落としがちなコストを事前に洗い出す手順は、別途資料（BtoB ECの隠れコストの洗い出し）で整理しています。

この読み替えを誤ると、要件定義の段階で必要な機能が漏れ、稼働後に追加開発が発生します。取引先ごとの価格設定や承認フローは、後から機能追加すると初期費用より割高になりやすい領域です。自社の商習慣に合わせて費用の置き場所を確かめるには、無料相談で要件を整理することをおすすめします。

社内工数は、賃金統計で金額に換算して初めて費用として比較できる

社内の担当者が要件整理・運用に投じる時間は、賃金統計で金額に換算して初めて他の費用と比較できるようになります。厚生労働省の令和7年賃金構造基本統計調査によると、一般労働者の賃金は男女計で月額340.6千円です（男性373.4千円・女性285.9千円）^*3。

換算の考え方は、月額賃金を所定労働時間で割って時間単価を出し、そこに投入時間を掛け合わせるというものです。ただし所定労働時間は企業ごとに異なるため、記事側で一律の時間単価を断定することはできません。

読者自身が自社の賃金水準・所定労働時間に置き換えて計算する前提で、この考え方を活用してください。

社内工数を含めた総額の試算方法と、投資回収期間の考え方については、別途資料（B2B ECの費用・総額の積み上げと回収期間）で詳しく扱っています。

予算は、補助金の枠組みを前提に組み立てる

中小企業デジタル化・AI導入支援事業の通常枠では、1プロセス以上の申請で補助額5万円以上150万円未満です。4プロセス以上の申請では、150万円以上450万円以下という枠組みが設けられています。補助率は1/2以内です（令和6年10月から令和7年9月までの間で3か月以上、令和7年度改定の地域別最低賃金未満で雇用している従業員が全従業員の30%以上であることを示した場合は2/3以内）^*4。

クラウド利用料は2年分を上限として補助対象に含まれます^*4。継続費用に区分される利用料の一部が、この枠組みの対象になるということです。

2026年度の直近の締切は、第5次締切として2026年9月29日（火）17時に設定されています^*4。公募回ごとに補助額・補助率・締切は変わるため、申請を検討する時点で最新の公募要領を確認することをおすすめします。

申請実務の進め方については、別途資料（BtoB ECでのIT導入補助金の活用）で解説しています。

まとめ：Eコマースの費用を自社の数字にする3つの手順

本稿では、Eコマースの費用を初期費用・継続費用・売上連動費用・社内工数の4層に整理し、BtoC前提の相場を法人取引向けに読み替える差分を確認しました。要点を3つの手順に集約すると、次の通りです。

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ご不明な点はお問い合わせフォームからもご連絡いただけます。

よくある質問

Eコマースの費用は初期費用と月額費用だけを見ればよいですか。

初期費用と月額の継続費用だけでは、費用の全体像はつかめません。売上に比例する決済手数料などの売上連動費用と、担当者が投じる社内工数も費用として計上する必要があります^*2*3。

検索で出てくる費用相場は、法人向けの取引にもそのまま当てはまりますか。

そのままでは当てはまりません。検索結果の多くはBtoC-ECを前提としており、法人取引では取引先別価格・与信管理・基幹連携などで費用が増えます。一方で、広告費や決済手数料の比重は下がる傾向があります。

決済手数料はどのくらいの水準ですか。

公正取引委員会の調査では、平均加盟店手数料率は単純平均2.70%、加重平均1.66%と報告されています^*2。ただしこの数値はクレジットカード加盟店全体の平均であり、個別の契約料率とは異なります。

社内の担当者の人件費も費用に含めるべきですか。

含めて考えることをおすすめします。厚生労働省の統計を用いて月額賃金を時間単価に換算し、要件整理や運用に投じた時間を掛け合わせれば、社内工数を他の費用と同じ土俵で比較できます^*3。

補助金は継続的に発生する費用にも使えますか。

中小企業デジタル化・AI導入支援事業の通常枠では、クラウド利用料が2年分を上限として補助対象に含まれます^*4。継続費用の一部が対象になりますが、公募回ごとに要件が変わるため申請時点での確認が必要です。

1. *1　出典：経済産業省「令和6年度電子商取引に関する市場調査の結果を取りまとめました」（2025年8月26日公表）
2. *2　出典：公正取引委員会「クレジットカードの取引に関する実態調査報告書（概要）」（令和4年4月）
3. *3　出典：厚生労働省「令和7年賃金構造基本統計調査 結果の概況」（令和7年）
4. *4　出典：中小企業基盤整備機構「中小企業デジタル化・AI導入支援事業（通常枠）」（2026年度）
5. *5　出典：国税庁「電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】」（令和7年6月）
6. *6　出典：情報処理推進機構（IPA）「非機能要求グレード」（最終更新2023年8月17日）